二氧化碳培養(yǎng)箱有兩種加熱方式：氣套式加熱和水套式加熱，兩種加熱系統(tǒng)都是精確和可靠的，同時它們都有著各自的優(yōu)點和缺點。

水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍內(nèi)部的箱體來維持溫度恒定的，其優(yōu)點：水是一種很好的絕熱物質(zhì)，當遇到斷電的時候，水套式系統(tǒng)就可以比較長時間的保持培養(yǎng)箱內(nèi)的溫度準確性和穩(wěn)定性（維持溫度恒定的時間是氣套式系統(tǒng)的3～4倍），有利于實驗環(huán)境不太穩(wěn)定（如有用電限制，或者經(jīng)常停電）并需要保持長時間穩(wěn)定的培養(yǎng)條件的用戶選用。

氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層內(nèi)的加熱器直接對內(nèi)箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養(yǎng)箱迅速的特點，特別有利于短期培養(yǎng)以及需要箱門頻繁開關(guān)的培養(yǎng)。此外，對于使用者來說氣套式設(shè)計比水套式更簡單化（水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，并要經(jīng)常監(jiān)控水箱運作的情況）。